23 bölümden oluşan 3. sezon, Birleşik Devletler ve Kanada'da 4 Ekim 2006'da yayınlanmaya başlandı ve çarşamba akşamları saat 21.00'da gösterildi. Dizi, verilen aradan sonra 7 Şubat 2007'den itibaren geri kalan bölümlerle saat 22.00'da gösterildi. Hikâyeye, kazadan sonraki 67. gün ile devam edildi. Yeni kazazedeler ile Diğerleri grubu, bu sezonda göründü. Kazazedeler, Diğerleri ve onların gizemli geçmişleri hakkında bilgi edindiler. Diğerleri'nden biri ile bir ada sakini, kazazedelerin arasına katılırken, kazazedelerden biri ise Diğerleri'ne katıldı. Kazazedeler ile Diğerleri arasında çatışma en uç noktaya çıktı ve kazazedeler, adanın yakınındaki gemi ile iletişime geçmeyi başardı.